Jean-François Jalkh foi nomeado presidente interino na terça-feira, depois que Marine Le Pen desistiu para lutar pela presidência francesa.
Jalkh nega que, em comentários anteriores, questionasse a realidade das câmaras de gás nazistas.
Ele está sendo substituído por Steeve Briois, um dos deputados do partido.
Tal como o Sr. Jalkh, o Sr. Briois é também um dos cinco vice-presidentes do partido. Ele é prefeito da cidade de Henin-Beaumont, no norte da França.
"O Sr. Briois assumirá a liderança interina e não haverá mais conversa sobre isso", disse o vice-presidente da FN Louis Aliot - que também é sócio de Le Pen - ao canal de notícias BFMTV.
É um desenvolvimento indesejável para a Sra. Le Pen, que tem trabalhado duro para distanciar seu partido de suas raízes anti-semitas - expulsando seu pai do partido que ele fundou sobre seus comentários que as câmaras de gás eram um "detalhe da história".
Mas Le Pen criticou fortemente em 9 de abril quando ela sugeriu que a França não era responsável por uma redação em 1942 de 13 mil judeus, enviados da França para campos de extermínio nazistas.
As pesquisas de opinião realizadas desde a primeira rodada do domingo sugerem que Emmanuel Macron, candidato do movimento En Marche (On The Move), vencerá facilmente a Sra. Le Pen na segunda rodada, em 7 de may